昔むかし大昔、人間たちが生まれるよりも、もっともっと昔のお話です……。

そのころ、地球には恐竜という生き物が棲んでいましたが、氷河期が近づいてきて世界は荒廃しようとしていました。

独りで旅するプテラノドンの少女プノン（声：石原夏織）は、乱暴なゴルゴサウルスの手下ルッチ（声：森川智之）とゴッチ（声：檜山修之）に襲われ、食べられそうになります。

空を飛んで逃げればいいのに、なぜか彼女は飛べません……。
と、そこにティラノサウルスのティラノ（声：三木眞一郎）が現れました。

地上最強の恐竜の出現に驚き、慌てててその場から逃げ出すゴッチたち。しかしその後ティラノはプノンに目もくれようとせず、木の上になっている不思議な赤い実をむしゃむしゃと食べ始めるのでした。

肉食をせず暗闇を怖がるティラノを気に入ったベジタリアン（？）のプノンは、自分が赤い実がたくさんなっている地上唯一の楽園“天国”を探しながら旅していることを話し、一緒に行こうと誘います。

一度は断りながらも“天国”へ導く不思議な蝶の後を独りで追いかけていくプノンのことが心配で、一緒に旅することを決めたティラノ。

一方、数多くの草食恐竜＝獲物が棲む“天国”の存在をゴッチらから聞かされたゴルゴサウルスの“白い悪魔”ことゴルゴ（声：小西克幸）は、その場所をすぐに見つけるよう命令します。

やがて旅の途中、プノンとティラノは母親とはぐれておなかをすかしたトリケラトプスの子どもトプス（声：悠木碧）を助けますが、何と彼は“天国”からやってきたのだと言います。

トプスの道案内でようやく“天国”の入り口に辿り着いたプノンとティラノ。しかし、そこで彼らを待ち受けていたものとは……。